水质恶化常常造成病原微生物性疾病继发感染。如果能够同时治疗那最好不过，但如果2种疾病不能同时治疗就需要综合评估病鱼的整体病情和养殖环境情况，对问题处理的顺序进行排序，以便更经济、有效的处理病害。
在选择优先处理的问题时根据不同的情况，选择不同的优先处理问题排序。
在水产疾病的治疗过程中首先考虑的是如何在最短的时间内降低发病的水生动物的死亡量，且最大限度地减少养殖户的损失才是最有效的治疗方式。
遵循这个原则在确诊水生动物疾病并找到导致水生动物疾病大量死亡的主要原因优先进行处理。例如水质长期超标引起水生动物急性中毒时必须先针对水生动物进行急救处理，并在最大限度地减少损失而不是针对水质指标进行调节。
第一种疾病的发生与第二种疾病发生存在因果关系则优先考虑处理第一种疾病。
如寄生虫性烂鳃：由于寄生虫在鱼体鳃部的活动造成机械损伤，继而引发细菌性感染引发烂鳃。在处理的时候需要先处理鳃上面的寄生虫，之后才能处理鳃部的细菌性疾病，水质问题引发无鳞鱼机体溃疡也是同理。
例如当鱼类患有肝胆疾病的时对外界的刺激比较敏感，使用刺激性大的杀虫剂、消毒剂会引起鱼类的死亡量上升；当水质恶化并发寄生虫性疾病时贸然使用刺激性杀虫剂杀虫易导致鱼类出现中毒的状况。
在鱼类养殖的过程中经常可见车轮虫与指环虫三代虫并发，指环虫与中华鳋、锚头鳋并发的情况，在处理的时候可以通过肉眼观察或者使用显微镜镜检剪取虫体寄生部位相关组织（如鳃丝）进行镜检，并判断出每个种类寄生虫的数量，找到占优势的、危害较大的寄生虫进行优先处理，有针对不同寄生虫同时处理方法时也可以同时处理。
在鱼类养殖的过程中常常出现寄生虫与细菌性疾病并发，比较常见的有车轮虫、指环虫的寄生导致鱼类鳃部的机械损伤，进而引发细菌感染导致烂鳃的并发。在处理的时候首先需要针对寄生虫进行处理，如果首先处理烂鳃不仅无法根治也难获得好的效果。在处理好寄生虫性疾病之后，再对细菌性继发感染引起的烂鳃进行处理才能彻底根治。
比如在网箱养殖的金鲳鱼等品种，海水小瓜虫等寄生虫导致鱼体反复在网衣上摩擦，从引起金鲳鱼体表的细菌性感染导致烂身。在处理金鲳鱼烂身时也需要对海水小瓜虫进行处理才能彻底根除
在高密度养殖过程中投饵量也会不断增加，加上水生动物的排泄残饵和粪便不断地累积导致水质和底质出现问题。造成水生动物长期处于不良环境因素导致的应激状态、体质及免疫力的下降，继而引发病原微生物的继发感染。比如水质问题会导致的鱼类持续强应激而产生的溃疡、烂身等问题，鲫鱼等底层鱼细菌性败血症的暴发也是因为池塘底质的恶化而造成的。
养殖户在处理这些并发症的时候也需要考虑养殖环境的因素，比如在处理水质指标不良导致的鱼类溃疡的时除了处理细菌性感染之外还需要同时进行水质的净化和抗应激的处理。在处理底层鱼类细菌性败血症之后还需要对池塘底质进行处理，改善池塘底质可减少底层鱼病害的复发。
在基层的养殖过程中很多养殖户都有急于上市的心理，投喂量超过鱼类正常生长的营养需要再加上部分饲料营养不均衡、不全面以及抗营养因子的存在，久而久之就会造成鱼类肝脏的脂肪累积甚至肝细胞坏死，具体表现为绿肝、花肝、肝肿大、萎缩、胆肿大等的病变。到了养殖的中后期摄食鱼的肝胆疾病一直处于高发的状态，处于亚健康的状态的鱼类更容易出现寄生虫、细菌等病原微生物的继发感染。
由于鱼类肝胆病变的存在对于外界的刺激性药物的使用比较敏感，在寄生虫病和肝胆病同时发生时最好用中草药驱虫可避免化学类杀虫剂对鱼类的刺激。
如必需使用刺激性的杀虫剂的情况下需要减料内服护肝胆的中草药进行肝胆的修复处理，几天之后再使用杀虫剂或在使用杀虫剂之前先使用果酸、磷酸酯化的VC进行抗应激处理，几小时后再使用杀虫剂可以大大减少鱼类的应激。
在细菌性疾病和营养性肝胆病同时发生时，在抗菌素的选择时候要注意对肝胆刺激性较大的抗生素(如盐酸多西环素，磺胺类)尽量不用，同时可以适当减料内服护肝胆的中草药、维生素E等促进肝胆的修复。在外用消毒剂的时候，需要尽量避免刺激性的消毒剂（如强氯精等）使用，可以使用相对温和的消毒剂（如优质的聚维酮碘等）。
因此养殖户在遇到多种鱼病同时并发时需要厘清疾病之间的关系，然后再按照文中的方法进行治疗一定能够根除。